Similarity Matrix of Proteins

Si milarity Ma trix of P roteins, ou SIMAP, est une base de données de similitude entre protéines et des domaines protéiniques.



Catégories :

Bio-informatique - Calcul distribué - Protéomique - Protéine

Similarity Matrix of Proteins, ou SIMAP, est une base de données de similitude entre protéines et des domaines protéiniques. Celle-ci rassemble l'ensemble des séquences de protéines aujourd'hui publiées et est continuellement mise à jour. Les similitudes entre protéines sont calculées avec l'algorithme FASTA qui apporte une vitesse optimale et une sensibilité indispensable. Les domaines de protéines sont calculés en utilisant la base de données et les méthodes d'InterPro.

SIMAP est un projet commun du centre national de recherches GSF pour l'environnement et la santé, de l'université technique de Munich, et du centre de la vie et des sciences de l'alimentation Weihenstephan. L'utilisation des résultats de SIMAP est entièrement libre pour l'éducation et la recherche publique.

SIMAP utilise la plateforme de calcul distribué BOINC. Grâce à l'utilisation de BOINC, chacun peut participer, avec son ordinateur personnel, à la mise à jour continue de la base de donnée.


Statistiques de SIMAP au 29 septembre 2009 :

Élément Nombre
Bases de données 3 361
Protéines 49 642 022
Séquences 23 714 080
Acides aminés 6 350 294 569

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"About SIMAP (Similarity Matrix"

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